O tratamento da sinusite aguda visa melhorar a drenagem do seio e curar a infecção. A inalação com vapor aquecido ajuda os vasos sangüíneos da membrana mucosa a contraírem e melhora a drenagem dos seios. Os medicamentos que provocam a constrição dos vasos sangüíneos (p.ex., fenilefrina) podem ser utilizados sob a forma de spray, mas apenas durante um tempo limitado. Os medicamentos similares (p.ex., pseudoefedrina) administrados pela via oral não são tão eficazes.
Para tratar tanto a sintusite aguda quanto a crônica, são administrados antibióticos (p.ex., amoxicilina), mas os indivíduos que apresentam sinusite crônica os utilizam por um tempo mais prolongado. Quando os antibióticos não são eficazes, a cirurgia pode ser realizada para melhorar a drenagem do seio e remover o material infectado.